东汉末年，药城谯郡最大医馆的继承者——华佗，与吴成、胡半仙为医门师兄弟，被称为“谯郡三医师”。华佗天生聪颖却顽劣成性，正经医书不看，奇特的治病法子层出不穷。为百姓解除病痛是华佗一生的追求，与明心厮守到老是华佗一生的梦想，可惜父命难为，华佗与明心被棒打鸳鸯，最终只能与指腹为婚的惠娘成亲。 
　　彼时恰逢董卓乱政，曹操刺董失败逃回谯郡，在城门之下与华佗结下“推门之谊”，却让明心和吴成中箭受伤。华佗用尽全力救活明心本想与她重修旧好，而惠娘怀孕的消息使明心万念俱灰，吴成更是怀恨在心，因为惠娘是吴成一生的最爱。吴成为让惠娘离开华佗，偷在保胎药中做手脚，却未料致惠娘意外流产而死。吴成将惠娘之死归罪于明心、县令，从此他走上了复仇的不归路。而华佗与明心这对苦命鸳鸯也是分道扬镳。
　　吴成为报复趁虚而入勾引明心，利用明心的感情和华佗的医术，平步青云，赴京入职太医院，后为仕途选择了太医院主管甄大人的妹妹，明心心碎失明。华佗发誓要研制出麻沸散，医好明心。
　　在经历了惠娘之死，华父离去，医馆倒闭，明心眼盲，明心被吴成强暴并且生下孩子沸儿，胡半仙和喜莲被冤枉致死等一系列沉重打击与挫折之后，华佗看透了人世冷暖，权术与阴谋，愈发地坚定成熟，也终于明白自己此生挚爱唯有明心，心系的是黎明百姓。华佗无意仕途，潜心钻研医术，在最终研制出麻沸散让明心恢复光明之时，也正是被曹丕假借曹操之手送上断头台之时……